Достаточно добавить скрипт в общий шаблон темы — он подхватится на всех страницах магазина.
По FTP или в файловом менеджере хостинга: catalog/view/theme/ваша_тема/template/common/footer.twig.
Добавьте код из кабинета перед закрывающим тегом body и сохраните файл.
В админке «Дизайн → Модификации» нажмите обновление, если используете кеш шаблонов.
Любой, где есть доступ к шаблону темы — вставляется обычный HTML-скрипт, модуль не требуется.
Кеш страниц не мешает: попап собирается в браузере посетителя.
Да, страницы исключаются в кабинете одной настройкой.
Битрикс24 и amoCRM подключаются в кабинете, для остальных систем есть вебхук.
Чекбокс согласия и ссылка на политику уже в форме, договор обработки выдаём в кабинете.